La estructura organizativa del Ministerio de Fomento, Industria y Comercio, se conforma de acuerdo a su base legal y a las normas definidas por la Dirección General de Función Pública del Ministerio de Hacienda y Crédito Público.
La integran los siguientes niveles organizativos:
- Dirección Superior: Es el máximo nivel de decisión del Ministerio y está integrada por Ministro, Viceministro.
- Órganos de Asesoría y Apoyo de la Dirección Superior: Conformados por las áreas staff, cuya función principal es brindar asesoría y apoyo a la gestión institucional.
- Divisón de Asesoría Legal
- División de Auditoría Iterna
- División de Comunicación Institucional
- División de Informática
- Unidad de Gestión Ambiental
- Unidad de Adquisiciones
- Oficina de Acceso a la Información Pública
- Órganos de Apoyo a la Gestión Institucional: Conformados por Divisiones Generales y Específicas, son Unidades productivas indirectas, donde se concentran las acciones de coordinación y de ejecución, de los sistemas horizontales de gestión y sus acciones no trascienden a otras instituciones siendo estas:
- División General Administrativa Financiera
- División General de Planificación Programas y Proyectos
- División de Recursos Humanos
- Órganos Sustantivos: Integrados por Direcciones Generales y Específicas, son Unidades productivas directas, ejecutoras y prestadoras de los servicios finales de la gestión global y constituyen la razón de ser de la Institución, en correspondencia a su misión y objetivos esta compuesta por la siguientes Direciones:
- Dirección General de Comercio Exterior
- Dirección General de Comercio Interior
- Dirección General de Industria y Fomento Empresarial
- Dirección General de Fomento y Promoción de Exportaciones
- Dirección General de Registro de la Propiedad Intelectual
- Dirección General de Protección de los Derechos de las Personas Consumidoras y Usuarias